L’approvazione del progetto definitivo esecutivo del nuovo allestimento del Museo di San Sebastiano è il cuore del “Piano di riordino complessivo delle Collezioni civiche” e consiste nella realizzazione di un nuovo ordinamento museale dedicato al collezionismo archeologico, uno dei grandi filoni che ha alimentato la formazione delle collezioni civiche e di cui furono fautori: Vespasiano Gonzaga, Giuseppe Acerbi, Ugo Sissa.

Si trattano delle collezioni Greco-romana, Egizia, Mesopotamica e Araba che ad oggi risultano collocate tra Palazzo Ducale, i depositi, Palazzo Te e San Sebastiano. Il progetto prevede di riunire tutte le collezioni in un’unica struttura museale, Palazzo San Sebastiano, che risponda adeguatamente alle necessità di funzionalità e fruibilità. Le collezioni attuali saranno quindi valorizzate con un nuovo allestimento performante in un unico edificio e saranno implementate da pezzi provenienti da Palazzo Ducale e dai depositi civici. Nel dettaglio il progetto è caratterizzato da una grande flessibilità dell’allestimento che evita ambientazioni fisse e permette una grande variabilità espositiva. La modularità dei supporti espositivi, dei basamenti e dei sistemi di illuminazione, consentirà di modificare il percorso musivo a seconda delle necessità del momento: movimentazioni, nuove acquisizioni, oggetti appena restaurati, nuovi percorsi didattici. In sintesi Il progetto riunisce le collezioni in un’unica struttura accessibile a tutti arricchendole di pezzi ad oggi non visibili e ricostruendo un racconto accattivante e comprensibile sia per il visitatore che per la didattica. Questo consentirà di sviluppare una nuova offerta turistica con un occhio di riguardo alla formulazione di percorsi didattici che vadano ad intersecare la programmazione didattica.
Il nuovo allestimento del Palazzo di San Sebastiano è attuabile con il contestuale allestimento del Tempio. Il tempio di San Sebastiano è il primo edificio costruito a Mantova su progetto di Alberti, che nel 1460 scrive al committente, Ludovico Gonzaga: «E modoni de Santo Sabastiano, Sancto Laurentio, la logia et Vergilius sono fatti, credo non vi dispiaceranno». L’inizio della costruzione è stato da subito travagliato forse per l’inserimento del livello inferiore, non previsto in un primo momento. La lentezza nel procedere delle opere, dopo le iniziali accelerazioni, e l’attenzione rivolta da Ludovico Gonzaga alla nuova chiesa di Sant’Andrea, lasciarono alla sua morte il San Sebastiano ancora incompiuto in molte parti. Nelle intenzioni dell'Alberti il tempio presentava una pianta centrale, formata da una croce greca inscritta in un quadrato con tre absidi semicircolari; i quattro bracci dovevano essere coperti con volte a botte. L'impianto planimetrico si ripete in modo speculare nella chiesa inferiore, che ha un accesso indipendente rispetto all'aula superiore. Quanto fedele all’indicazione dell’Alberti sia stato il completamento dovuto ai canonici Lateranensi a partire dal 1488 è problema ancora aperto. Durante il restauro eseguito tra il 1922 e il 1925, si decise di trasformare l'edificio, da tempo abbandonato, in sacrario ai caduti, alterandone profondamente la struttura, dato che furono modificate le aperture, si procedette al rifacimento della volta sostituendone i pilastri e le basi che la sostenevano, ma soprattutto per l'aggiunta impropria delle due scalinate di accesso in facciata; la scala antica, infatti, tuttora esistente e risalente alla fine del Quattrocento, è posta all'interno di una loggia, sul lato sinistro del portico; e lì, in corrispondenza con le testate laterali del pronao, probabilmente Leon Battista Alberti aveva immaginato le due rampe d'ingresso al suo tempio. Il restauro condotto da Andrea Schiavi (1924- 1925), nell’intento di liberare l’edificio dagli adattamenti subiti, ha poi pesantemente influito sul suo attuale aspetto. Il Tempio a partire dal 2011 è visitabile perché inserito nel percorso dei Musei Civici del Comune di Mantova. Ospita prevalentemente le reliquie dei martiri di Belfiore e degli eroi caduti nel corso delle ultime guerre. Inoltre, sino a novembre 2019, ha accolto le ricostruzioni lignee monumentali degli edifici albertiani eredità di una fortunata mostra mantovana dedicata al teorico dell’architettura nel 1994. L’obiettivo del Piano Integrato proposto è quello di connotare l’edificio albertiano come spazio musivo tematico dedicato all’architettura quattrocentesca riallestendo in questa sede il nucleo di decorazioni architettoniche di ambito fancelliano e albertiano - pertinenti al Tempio stesso e alla Chiesa di Sant’Andrea - nonché cinque statue in terracotta di ambito mantegnesco (ora in Palazzo San Sebastiano). Contemporaneamente sarà anche uno spazio dedicato al confronto sui temi dell’architettura.